A união, que deveria selar a paz entre huguenotes e católicos, transformou-se em uma armadilha que vitimou milhares de protestantes em Paris, chacinados nas ruas pelos católicos enfurecidos.
O cinema francês produziu um inesquecível filme, Rainha Margot, que mostra as relações pessoais e de poder da monarquia francesa sob a égide de Catarina de Médici. Em 1598, quando Henrique de Navarra assumiu o trono da França com o título de Henrique IV, foi celebrada a tolerância entre católicos e protestantes pelo Edito de Nantes. As guerras de religião na Europa, entretanto, continuariam pelo século XVII, quando a chamada Guerra dos Trinta Anos (1618-48) colocou praticamente todas as nações católicas e protestantes da Europa em estado de guerra até a paz de Westfalia.
A reação mais importante ao movimento protestante, todavia, ocorreu entre 1545 e 1563. O famoso Concílio de Trento, que reuniu a alta hierarquia da Igreja Católica, mesclou medidas de caráter repressivo, como a reorganização do Tribunal de Inquisição e a elaboração de um índex de obras censuradas, com atitudes conservadoras — reafirmação do celibato, dos dogmas, dos sacramentos, da hierarquia católica e da autoridade papal — e de caráter de moralização, como a instituição da obrigação da formação em seminários para indivíduos com vocação, o que contribuiu para o fim do nepotismo e da simonia. Uma nova ordem religiosa ainda foi reconhecida: a Companhia de Jesus, idealizada pelo soldado espanhol Inácio de Loyola. A Ordem dos Jesuítas teria um papel primordial na expansão do catolicismo para regiões coloniais da África, América e Ásia.
Somente em 1962, durante o Concílio Vaticano II, a Igreja Católica teria uma postura mais moderada e ecumênica, sob o pontificado de João XXIII, quando Roma convidou membros de outras igrejas cristãs como observadores do Concílio, admitiu a participação de leigos na Igreja, a missa em vernáculo e a utilização de meios de comunicação como forma de expandir a palavra de Cristo.
