O trabalho compulsório, aliado às doenças, causou, uma enorme mortandade. Veja o exemplo do que ocorreu com os povos andinos: em 1633 eram 40.115 indígenas, em 1662 diminuíram para 16 mil e, finalmente, em 1683 eram apenas 10.633.
Instalaram uma estrutura colonizadora da seguinte maneira: base localizada na Espanha com dois órgãos (Conselho das Índias – funcionava como Supremo Tribunal de Justiça, nomeava funcionários e regulamentava a administração das colônias; Casa de Contratação – sediada em Sevilha, para organizar o comércio e fiscalizar o pagamento do quinto. Na América, a colonização da América espanhola foi dividida em 04 vice-reinos e 04 capitanias-gerais. O Vice-rei representava o rei espanhol na América. Era escolhido entre a nobreza e possuía funções militares, jurídicas, fiscais, financeiras, religiosas e administrativas, em geral. Ainda existiam as Audiências, que eram formadas pelos ouvidores e possuíam a função judiciária; com o tempo passaram a ter funções administrativas. No âmbito local havia os cabildos ou ayuntamientos, que eram equivalentes às câmaras municipais. Eram formadas por elementos da elite colonial, subordinados às leis da Espanha, mas com autonomia para promover a administração local (municipal).

(Fonte: http://marciamaisgeo.blogspot.com/2014/08/etnias.html)
A sociedade era organizada da seguinte maneira: no topo estavam os chapetones e o clero, que eram espanhóis, altos cargos, privilégios. Posteriormente, havia os Criollos, descendentes de espanhóis nascidos na América. Elite colonial, grandes proprietários e comerciantes. Integrantes dos Cabildos (Câmaras Municipais). Por último, os índios e os negros, explorados como escravos ou “semiescravos” (Mita ou Repartimiento – trabalho forçado nas minas; Encomienda – trabalho servil nos latifúndios agroexportadores, também chamados de haciendas ou plantations). Um último detalhe sobre escravidão era que, para se vender escravos, deveria se ter o Asiento (concessão de direito de venda).
A economia era baseada na Mineração: principal atividade. Destaque para a exploração de prata no México, no Peru e na Bolívia, principalmente na cidade de Potosí. A pecuária era forte na região do rio da Prata. Produtos tropicais para exportação ficavam, principalmente, na região do Caribe.